巴音布鲁克天鹅国家级自然保护区 巴音郭楞蒙古自治州和静县境内，坐标东经83°42′~85°51′，北纬42°59′~43°07′，保护区面积148 689公顷。建于1980年，1986年升级为国家级自然保护区，以保护湿地与山地草原生态系统和天鹅等珍禽为目标。保护区内有植物260余种，隶属50科160属；动物147种，其中鸟类123种、鱼类4种、两栖类2种、哺乳类18种，国家一、二类保护动物有角鸊鷉、黑鹳、大天鹅、小天鹅、疣鼻天鹅、鸢、棕尾鵟、大鵟、毛足鵟、灰背隼、红隼、雕鴞、长耳鴞、新疆大头鱼、马鹿等。

西天山国家级自然保护区 伊犁哈萨克自治州巩留县境内，坐标北纬43°03′~43°15′，东经82°51′~83°06′，保护区面积31 217公顷。建于1983年，原名新疆巩留雪岭云杉自然保护区，2001年升级国家级自然保护区。主要保护对象是雪岭云杉及其生境。保护区内有高等植物1 000余种，隶属97科341属；有陆栖脊椎动物146种，隶属52科109属，国家保护动物有24种，主要有雪豹、北山羊、金雕、黑鹳、棕熊、马鹿、盘羊、高山雪鸡等。已记录昆虫196种，分属102科。

新疆托木尔峰国家级自然保护区 阿克苏地区温宿县与伊犁哈萨克自治州昭苏县交界地带，坐标东经80°00′~80°34′，北纬42°40′~43°31′。保护区面积237 600公顷。建立于1980年，以高山生态系统为保护目标。保护区内有高等植物346种；有鸟类54种、兽类19种，国家级保护动物有雪豹、北山羊、紫貂、金雕、马鹿、盘羊、黑熊、棕熊、石貂、塔里木兔等。已记录昆虫213种。

艾比湖湿地国家级自然保护区 博尔塔拉蒙古自治州精河县境内，坐标东经83°36′~83°50′，北纬44°30′~45°09′，保护区面积267 085公顷，其中核心区161 900公顷，保护对象为艾比湖水体、滩涂、湖滨荒漠林地、草地及野生动植物。建立于2000年。艾比湖湿地在春秋两季是西伯利亚至东南亚近百万候鸟的重要迁徙停歇地，也是众多珍稀水禽的繁殖地，在国际生物多样性保护中具有十分重要的意义。艾比湖水体和湿地的状况，也关系着新疆天山北坡经济带的生态安全。

新疆天池自然保护区 昌吉回族自治州阜康市境内，坐标东经88°00′~88°20′、北纬43°45′~43°59′，保护区面积38 069公顷，保护对象为山地森林生态系统、完整的景观垂直带、野生动植物的多样性。保护区内有种子植物200余种，代表植物有雪岭云杉、欧洲山杨、密叶杨、天山花楸、蔷薇和多种禾本科牧草，药用植物资源丰富；脊椎动物79种，包括兽类24种、鸟类50种、鱼类2种、爬行类2种、两栖类1种。国家重点保护动物有棕熊、石貂、水獭、猞猁、雪豹、北山羊、马鹿、盘羊、黑鹳、暗腹雪鸡、红隼等。建立于1980年。1992年被联合国教科文组织纳入“人与生物圈计划”，命名为博格达峰人与生物圈国际保护地，保护范围由高山直至山前平原区，包括三工河、四工河、水磨河流域，面积为250 700公顷，是天池自然保护区的6.6倍。国际保护地中植物有369种，其中被子植物364种、裸子植物5种，有国家三级保护植物5种，包含胡杨、梭梭、白梭梭、肉苁蓉、雪莲；有脊椎动物150种，其中鸟类94种、兽类37种、两栖爬行类6种、鱼类13种。国家保护动物25种，包括黑鹳、小鸨、雪豹、北山羊、大天鹅、鸢、雀鹰、棕尾鵟、草原雕、秃鷲、兀鷲、燕隼、暗腹雪鸡、黑腹沙鸡、雕、纵纹腹小鴞、棕熊、石貂、兔狲、猞猁、马鹿、鹅喉羚、盘羊等。

新疆巩留野核桃自然保护区 伊犁哈萨克自治州巩留县境内，坐标北纬43°19′~43°23′，东经82°15′~82°17′。保护区面积1 018.67公顷，是世界上两大野核桃资源分布区中的一个分布区，野核桃林占地180公顷左右。建立于1983年。主要保护对象是野核桃林及其生境。野核桃分布在伊犁伊什格里克山三条沟谷海拔1 250~1 600的阴坡、半阴坡中、下部，在下部与天山苹果、野杏组成落叶阔叶野果群落，在上部与欧洲山杨、新疆桦木等组成落叶阔叶林群落。保护区内有植物354种，隶属68科226属，其中国家保护植物主要有野苹果、野核桃等，现尚有野核桃4 000余棵，最大的树龄近400年。陆栖脊椎动物有100余种，国家保护动物有10余种，包括猞猁、兔狲、红隼、马鹿、长耳鴞、鸢、雀鹰等，已记录昆虫50余种。

新疆伊犁小叶白蜡自然保护区 伊犁哈萨克自治州伊宁县境内喀什河河漫滩上。坐标北纬43°30′，东经81°45′~81°53′，保护区面积404.67公顷。主要保护对象为第三纪温带落叶林的残遗树种小叶白蜡及其生境。建立于1983年，是国内唯一的一片小叶白蜡林，由六七代不同树龄的植株组成，有“阔叶林活化石”之称。保护区内有高等植物193种，隶属54科138属，以蔷薇科、菊科、禾本科为主，各在20种以上。鸟类近百种，兽类以食肉目、兔形目、啮齿目的小型动物为主，有10余种。国家保护动物主要为各种猛禽，如长耳鴞、草原雕、雀鹰、鸢等。

新疆霍城四爪陆龟自然保护区 伊犁哈萨克自治州霍城县芦草沟一带，坐标东经80°48′~80°58′，北纬44°06′~44°18′。保护区面积27 000公顷。主要保护对象是四爪陆龟及其生境。保护区建立于1983年。全世界211种龟中只有3种陆龟，其中只有四爪陆龟分布在北方干旱区，近年来的乱捕和生境的破坏，加上其繁殖能力很低，目前数量急剧下降，只有20世纪60年代数量的1/20。保护区内植物由30种菊科、藜科、禾本科、豆科植物组成，沟谷中还有柽柳、铃铛刺等灌木和禾本科、莎草科的草甸植物，为四爪陆龟提供了丰富的食物来源。动物中鸟类有近100种，主要为雀形目、裂形目、夜莺目等鸟类，兽类有10余种，主要为食肉目、兔形目、啮齿目的动物。国家保护动物主要为猛禽类，包括长耳鴞、草原雕、雀鹰、红隼、鸢等。

夏尔希里自然保护区 博尔塔拉蒙古自治州博罗市境内，坐标东经81°43′~82°06′，北纬45°09′~45°24′，保护区面积2 000公顷，建立于2000年，保护对象为野生动植物、保护动物的栖息地和繁殖地、保护植物的原生地和森林、草地及其他景观。我方居民曾于1962年被迫搬离，1998年据《中哈国界补充协定》正式划归我国。保护区内受人类干扰少，植物生长良好，处原始状态，有维管植物1676种，隶属81科513属；还有大型真菌143种。其中国家保护植物10余种；野生动物种数较多，有177种，隶属54科，其中有鸟类125种、兽类44种、两栖类1种、爬行类7种。另有昆虫420种，分属14目96科。国家保护动物有28余种，包括雪豹、北山羊、金雕、秃鷲、赛加羚、棕熊、赤狐、马鹿、鹅喉羚、虎鼬、兔狲、草原鷂、猎隼、黑琴鸡、雕鴞等。

温泉中亚北鲵自然保护区 博尔塔拉蒙古自治州温泉县境内，坐标东经80°26′~80°34′，北纬44°50′~44°57′，保护区面积694.5公顷，核心区100公顷，建立于1997年。主要保护对象为中亚北鲵(又称新疆北鲵)。中亚北鲵仅分布在新疆温泉县和哈萨克斯坦交界的边境狭长地带，为古老物种，属孑遗动物，是新疆唯一有尾两栖类动物，数量极其稀少，已列入国际自然与自然资源保护联盟(IUCN)红皮书，我国于1999年7月才采集到标本并开展相关研究。保护区属山地草甸草原带，植物以中旱生、旱生植物种为主，如草地早熟禾、针茅、苔草等。

新源山地草甸类草地自然保护区 伊犁哈萨克自治州新源县境内，坐标东经83°07′~83°31′，北纬43°03′~43°13′，建立于1986年。保护区面积65 300公顷，主要保护对象为亚高山草甸草原及其动物。保护区为巩乃斯草原组成部分。保护区内有高等植物210余种，隶属31科150属，除大面积雪岭云杉外，还有欧洲山杨、密叶杨、天山桦、天山花楸、榆、柳、野杏、野苹果等木本植物，高山草甸草原植被为主要景观，珍贵植物有新疆野苹果、新疆野杏、手掌参、阴生红门兰、伊犁黄花、斑叶兰等，药用植物众多。动物有兽类46种，隶属5目17科；鸟类约10科80种以上。

奇台荒漠草地自然保护区 昌吉回族自治州奇台县境内，坐标东经89°53′~90°08′，北纬44°12′~44°26′，保护区面积38 600公顷，为天山支脉博格多山北麓山前洪积扇倾斜平原与冲积平原交接地带，主要保护对象是荒漠草原及其生态系统，建立于1986年。保护区内植物包括草甸类植物、沙质荒漠植物、砾质荒漠植物三大类型，国家保护植物有肉苁蓉、梭梭、白梭等。动物中有脊椎动物90种，其中鸟类61种、兽类22种、爬行类7种，国家保护动物有蒙古野驴、鹅喉羚、大鸨、波斑鸨、黑腹沙鸡、大鵟、草原雕、雕鴞、纵纹腹小鴞、红隼、猎隼、雀鹰、草原斑猫、兔狲等。

新疆伊犁黑蜂自然保护区 伊犁哈萨克自治州原伊犁地区8县1市广大区域，核心保护区11600公顷。建于1980年，主要保护对象为伊犁黑蜂种源及其野生巢址。本保护区是新疆所有保护区中没有确定保护面积的一个自然保护区。伊犁是新疆重要养蜂区，蜜源植物十分丰富；伊犁黑蜂是20世纪初由前苏联引入的蜂种，经长期自然选育、驯养、繁殖、改良形成的新的优良蜂种，对保护、发展伊犁养蜂业具有十分重要意义。伊犁地区蜜源植物包括栽培蜜源植物，如油菜、沙枣、苜蓿、葵花等；野生平原蜜源植物，如三叶草、草木樨、骆驼刺等；山地蜜源植物，如小蓟、老鹳草、党参、一支花等，以及大多数唇形科、菊科植物。优质的蜜源植物造就了优质的伊犁蜂蜜。

青格达湖湿地自然保护区 五家渠市境内，保护区面积3 000公顷。以青格达湖湿地生境及其生态系统为保护对象，建于2000年。被称为“地球之肾”的湿地，在自治区首府乌鲁木齐的生态净化中发挥着十分重要的作用，受到社会和各族市民的广泛关注。