我所于2007年开始设立博士后科研流动站，目前共有“地理学站”（2007年）、“生物学站”（2007年）及 “生态学站”（2012年）3个博士后流动站。我所博士后招收人数连年递增，科研成果质量和数量均获提升，包括在2021年举办的全国博士后创新创业大赛中，以生态学站博士后李小双领衔的团队荣获铜奖（新疆唯一），其本人也作为获奖选手代表参加了赛后的媒体见面会，有效展现了我区博士后的风采。
我所三个博士后流动站涉及自然地理学、人文地理学、环境科学、植物学、生态学、水土保持与荒漠化防治学、地图学与地理信息系统、地球探测与信息技术，资源与环境、生物与医药等学科领域。2020年5月，根据科睿唯安最新发布的ESI数据显示，我所地球科学、环境/生态学、植物与动物科学、农业科学4个学科进入ESI全球前1%行列，表明我所在上述学科领域表现突出，国际影响力较高。
研究所高度重视博士后科技研发方面的投入。经费支持方面，近年来，我所科研经费连续多年超过3亿元。落地实施国家科技重大专项-第三次新疆综合科学考察项目，该项目涉及研究所大部分团队，80%以上在站博士后将参与其中，将在较长一段时间内有效支持相关博士后的科学研究工作。
平台建设方面，研究所建有荒漠与绿洲生态国家重点实验室、国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心；中科院-新疆维吾尔自治区政府共建中科院新疆矿产资源研究中心。在国内建有12个野外台站（其中3个为国家级野外站）；另有分析测试中心、文献信息中心、标本馆等科研支撑平台。国际科研平台建设方面，建有中国科学院中亚生态与环境研究中心、中美国际干旱区生态研究中心、中日干旱区生态研究中心、中国-比利时地理信息联合实验室、东非自然资源与环境研究中心、中德干旱区生态系统管理与环境变化联合研究中心等，另在境外联合建有18个野外台站，保障了博士后的日常工作开展。我所是1983年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，现设有三个专业一级学科博士研究生培养点，六个二级学科博士研究生培养点，十个专业一级（或二级）学科硕士研究生培养点，为博士后培养工作奠定坚实的学科基础。
我所设有24个科研团队，博士后进站后，全部纳入科研团队管理。研究所为其提供必要的科研办公条件。同时，博士后研究人员也可共享研究所各级研究及支撑平台，包括公共技术服务中心、文献信息中心、标本馆等；其中，公共技术服务中心由中心实验室（现有设备总值超5649.65万元）、野外台站、重点实验室以仪器设备共享、观测数据共享的原则整合组建，是从事基础理论、应用研究、分析测试以及培养高层次人才的重要基地，充分保障了博士后人员的日常研究工作开展；文献信息中心则可在文献情报方面提供服务，包括情报调研、科技查新、科技成果中介、信息检索、文献查阅等内容。
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